Фамилия Лунен — редкая для русского уха, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ев или -ин, эта фамилия имеет финаль -ен, что сразу указывает на нерусскую, скорее всего, западнославянскую или балтийскую основу. В польском, белорусском или литовском языках суффикс -ен часто встречается в фамилиях, образованных от прозвищ или личных имён.

Самая вероятная версия — фамилия образована от прозвища Лунь. В славянских языках «лунь» — это хищная птица из семейства ястребиных, обитающая в болотистых местах. Прозвище Лунь могли дать человеку за внешнее сходство (например, за седые волосы — у луня светлое оперение) или за характер (спокойный, «парящий» над суетой, либо, наоборот, хищный). В польском языке слово «łun» (лун) означает «отблеск», «зарево», что тоже могло стать основой для прозвища. Фамилия Лунен в таком случае — это «сын Луня» или «принадлежащий Луню», где суффикс -ен выполняет ту же роль, что русское -ов.

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию с немецким корнем «Lun» или «Lühn», что может быть сокращением от имени Людвиг или прозвища, означающего «лев». В этом случае фамилия могла попасть в Россию вместе с немецкими колонистами или через Прибалтику, где немецкое влияние было сильным. Однако для исконно немецких фамилий более характерны окончания -ер или -ман, так что версия со славянским «лунем» выглядит убедительнее.

Географически фамилия Лунен встречается в основном в западных регионах бывшей Российской империи: в Беларуси, на западе Украины, в Польше и Литве. В России она редка и часто является результатом миграции или обрусевшим вариантом польской фамилии Łunień. Если ваши предки носили фамилию Лунен, скорее всего, они были крестьянами или мещанами из западных губерний, а сама фамилия — это память о прозвище, которое дали предку за его внешность или повадки.