Фамилия Лунькины — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором между несколькими правдоподобными версиями. В её основе лежит прозвище или имя Лунька, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Лунькин, то есть сын, потомок Луньки.

Самая распространённая версия связывает прозвище с хищной птицей лунь из семейства ястребиных. Самцы луня отличаются пепельно-серым, почти белым оперением, что породило устойчивое сравнение: «седой как лунь». До крещения Руси было обычным делом давать ребёнку «птичье» прозвище — считалось, что так природа примет его за своего и поделится с ним нужными качествами. Взрослый человек мог получить прозвище Лунь за внешность: за очень светлые, седые волосы или за манеру парить над землёй, высматривать добычу.

Вторая версия, менее поэтичная, но тоже обоснованная, отталкивается от слова «лунка» — ямка, впадина. В этом случае Лунькой могли прозвать земледельца, копавшего лунки под посадку, рыбака, делавшего проруби, или жителя овражистой, бугристой местности. Топографические прозвища у русских крестьян встречались не реже, чем прозвища по птицам.

Наконец, есть версия, что Лунька — это народная, уменьшительная форма крестильного имени Лука (от латинского lux — «свет»). Такое сокращение имени до Лунька вполне естественно для русской языковой среды: вспомним, что от того же Луки образованы фамилии Лукин, Лукьянов и даже Луничкин. Если это так, то фамилия Лунькины — не от прозвища, а от канонического имени, и её носители — потомки человека по имени Лука.

Фамилия Лунькины закрепилась в форме множественного числа, что характерно для фамилий, обозначавших целый род или семейство. Сейчас её можно встретить и в центральных областях России, и на Урале, но точное место, где прозвище впервые превратилось в наследственное родовое имя, установить уже вряд ли удастся.