Фамилия Лунькова — женская форма, а её основа — прозвище Лунька. Самая распространённая версия связывает это прозвище с хищной птицей лунь из семейства ястребиных: у самцов серовато-белое оперение, отсюда поговорка «седой как лунь». В дохристианской традиции наречение именем животного или птицы было способом «договориться» с природой: считалось, что ребёнок получит качества этого существа. Внешнее сходство с птицей (например, светлые волосы или особая походка) тоже могло закрепить за человеком такое прозвище.

Но есть и другие пути. Слово «лунка» означает «ямка, впадина» — тогда Лунькой могли прозвать земледельца, копавшего лунки для посадки, рыбака, делавшего проруби, или жителя холмистой местности с ямами и оврагами. Третья гипотеза выводит Луньку из уменьшительной формы крестильного имени Лука (от латинского lux — «свет»): в народе Луку нередко называли Лунькой, а фамилия пошла уже от этого домашнего варианта.

Суффикс -ов в основе указывает на типичную русскую модель: «чей?» — Луньков, то есть сын или потомок Луньки. Женская форма Лунькова закрепилась за дочерью или женой. Из трёх версий птичья выглядит самой надёжной — она подкреплена и фразеологизмом, и частотой подобных «птичьих» фамилий (Соколов, Ястребов, Воробьёв). Версия с Лукой слабее: от Луки обычно образовывали Лукин, Лукашов, а Лунька — редкий вариант. Ономастический словарь Б. Унбегана подтверждает, что основа Лунь чаще всего связана именно с птицей, а не с именем или рельефом.