Фамилия Лунько происходит от прозвища или мирского имени Лунь. В основе лежит диалектный глагол «лунуть», то есть «выстрелить». Скорее всего, первый носитель фамилии был охотником — промысел давал прозвище по характерному действию, а не по внешности. В пользу этой версии говорит и суффикс -ко, типичный для украинских и южнорусских фамилий: в XVI–XVII веках так оформляли прозвища, которые затем закреплялись за потомками (сравните Шульга → Шульженко, Коваль → Ковалько). Лунько — это не уменьшительная форма, а патронимический суффикс, указывающий на сына или потомка человека по прозвищу Лунь.

Менее вероятно, что Лунь — это мирское имя, данное ребёнку по названию птицы (лунь — хищник из семейства ястребиных). В дохристианской традиции такие имена действительно встречались: родители верили, что имя-оберег передаст ребёнку качества животного. Но для фамилии Лунько такая основа редка: обычно птичьи прозвища давали по внешним признакам (седой, как лунь), а не по охотничьему действию. Поэтому версия с «выстрелом» выглядит убедительнее: она объясняет и прозвище, и суффикс, и социальный контекст (охота как распространённый промысел).

Исторически фамилия бытовала на территории современной Украины и в южных областях России — в зоне украинского влияния, где суффикс -ко был особенно активен. В дореволюционных метриках Лунько встречается среди казаков и крестьян, но не в дворянских родословных. Сословная принадлежность предков — скорее всего, свободные землепашцы или промысловики, а не служилое дворянство.