Фамилия Лунькина — женская форма фамилии Лунькин, которая в свою очередь происходит от прозвища Лунька. В основе лежит слово «лунь» — хищная птица семейства ястребиных, известная своим светлым, почти белым оперением. Прозвище Лунь на Руси давали либо седому, либо очень светловолосому человеку: «белый как лунь» — устойчивое сравнение, сохранившееся в языке до наших дней. Суффикс -к- в прозвище Лунька — уменьшительно-ласкательный, характерный для обиходной народной речи. Так могли называть невысокого или молодого человека с заметной сединой или белесыми волосами.

Фамилия образована по продуктивной модели: основа Луньк- плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Луньки). Такие фамилии типичны для центральной и северной России и чаще всего встречались в крестьянской и мещанской среде. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образовывались от основ на согласный или -а, суффикс -ин закреплялся за основами на -а/-я, что и произошло с прозвищем Лунька.

Интересно, что фамилия Лунькин (и женская Лунькина) почти не встречается в южных и западных регионах — это однозначно северный или среднерусский ареал. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян с прозвищем Лунь в Новгородской и Вологодской землях. Прямых указаний на дворянское происхождение нет: фамилия осталась в непривилегированных сословиях, что типично для «птичьих» прозвищ, закрепившихся в быту.

Слово «лунь» имеет и другое, диалектное значение — «лентяй, ротозей» (от глагола «лунять» — мешкать, зевать). В редких случаях прозвище могло относиться не к внешности, а к характеру. Однако первая версия — по цвету волос — считается основной и более распространённой в ономастике.