Фамилия Лупаштян — один из тех случаев, когда географический ключ важнее, чем прямой разбор корня. Она почти наверняка имеет молдавское или румынское происхождение, на что указывает характерный суффикс -ян. В молдавской ономастике этот суффикс выполняет примерно ту же роль, что русские -ов или -ин: он образует фамилии, отвечающие на вопрос «чей?» или «откуда?». Таким образом, Лупаштян — это «сын Лупаште» или «выходец из места, связанного с Лупаште».

Основа фамилии — Лупаште (Lupaște). Это не имя в привычном для нас христианском календаре, а, скорее всего, прозвище или топоним. Самое вероятное объяснение: корень восходит к румынскому слову lup — «волк». Суффикс -аште (в румынском написании -aște) мог придавать слову собирательное или увеличительное значение. В таком случае Лупаште — это «волчище», «волчье место» или прозвище человека с «волчьими» чертами: хитрого, одинокого или живущего в лесу. В молдавских говорах встречаются и фамилии-топонимы: если существовало село или хутор с названием Лупашть (Lupaști), то жителя оттуда называли Лупаштян.

Менее вероятна, но возможна связь с личным именем. Встречается редкое румынское имя Лупа, которое могло быть уменьшительным от Лупу (волк). Форма Лупаште тогда — это его расширенный вариант, а фамилия — отчество от него.

С точки зрения словообразования, фамилия не характерна для великорусских территорий: суффикс -ян здесь не патронимический (как у армянских фамилий), а именно территориально-притяжательный, типичный для Молдовы и Буковины. Поэтому носители фамилии Лупаштян с высокой вероятностью имеют предков из исторической Бессарабии, Молдавского княжества или соседних областей Украины (Черновицкая, Одесская области). В России фамилия редкая и, скорее всего, появилась в результате миграций XIX–XX веков.

Таким образом, исходное прозвище или название места — Лупаште — указывает на связь с волком или волчьим логовом, а сама фамилия отвечает на вопрос «откуда родом?» или «чей сын?», закрепившись за родом из определенной местности.