Фамилия Лужбинин — это отчество второго порядка: Лужбинин — сын Лужбина — внук Лужбы. Она образована от прозвища Лужба, которое восходит к аналогичному названию реки (в бассейне верхней Томи) или одноименного поселка, стоящего на этой реке. Этимология названия Лужба достоверно не установлена. Предполагают, что слово «Лужба» восходит к южносамодийским основам «лоозы» («черт», «чертовый») и «бу» («река»). Следовательно, Лужба переводится как «чертова река». Таким образом, можно предположить, что предок обладателя фамилии Лужбинин был выходцем из населенного пункта, расположенного в долине этой реки. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Лужба, со временем получил фамилию Лужбинин.