Фамилия Лынников звучит как типичная русская фамилия на -ов, но её основа не так прозрачна, как у Иванова или Кузнецова. В её корне лежит слово «лын» или «лыня», которое в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, кем был первый Лынников, нужно разобраться в диалектной лексике.

Самый вероятный источник фамилии — прозвище Лынник. В северных и сибирских говорах «лын» или «лыня» означало лень, а «лынник» — ленивого человека, бездельника, который «лыняет» (уклоняется от работы). Однако у этого слова было и другое, более конкретное значение: в некоторых регионах «лынником» называли того, кто обрабатывал лён или торговал льняным полотном. Второе значение менее распространено, но оно даёт более «ремесленную» версию происхождения: предок мог быть крестьянином, занимавшимся льном, или мелким торговцем.

Суффикс -ов в фамилии Лынников указывает на стандартную модель образования от прозвища отца: сына Лынника стали звать Лынниковым, то есть «принадлежащий Лыннику». Двойной суффикс (-ник + -ов) здесь не редкость: он встречается в фамилиях, образованных от названий профессий или характерных черт человека (сравните: Сапожников, Мясников, Пьянников). Это говорит о том, что прозвище было устойчивым и закрепилось в семье как родовое имя ещё до того, как оформилось в фамилию.

Географически фамилия Лынников встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в бывших Архангельской, Вологодской и Вятской губерниях. Это косвенно подтверждает и северное происхождение слова «лын» в значении «лень», и связь с льноводством, которое было традиционным промыслом именно в этих краях. В южных говорах такого прозвища почти не знали.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Лынников не выделяется как отдельная статья, но модель его образования типична для фамилий от прозвищ с негативной или профессиональной окраской. Спор между «ленивцем» и «льняником» решается в пользу первого варианта: прозвища по недостаткам давались чаще, чем по ремеслу, к тому же слово «лынник» в значении «лентяй» шире представлено в диалектных словарях. В любом случае, фамилия отражает не имя, а характер или занятие предка, что делает её типичной для крестьянской среды.