Фамилия Лысеня — один из тех случаев, когда географический акцент важнее, чем разбор по составу. Она почти наверняка белорусская. Её носители сконцентрированы в основном в Гродненской, Минской и Брестской областях, а также в прилегающих районах Польши (Подлясье). В России фамилия встречается редко, и почти всегда её корни ведут на запад.

Словообразовательная модель здесь прозрачна. Основа — «лыс-», то есть прозвище Лысый, Лысень. А вот суффикс «-еня» — типичный для белорусских и польских фамилий, образованных от прозвищ с уменьшительным или пренебрежительным оттенком (сравните: Козел — Козленя, Худой — Худеня). В русской традиции такой суффикс почти не встречается, в украинской — редко и в иной форме. Поэтому версия о белорусском происхождении фамилии Лысеня — основная и наиболее убедительная.

Что означало исходное прозвище? Человек мог быть лысым, плешивым. В крестьянской среде это часто была не столько физическая примета, сколько функциональная: лысина могла быть следствием болезни (например, лишая) или просто особенностью, которая бросалась в глаза и становилась деревенским именем. Второй, более редкий вариант — прозвище могло быть связано со словом «лысый» в переносном смысле: «голый», «бедный», «лишённый растительности» (например, о поле или участке земли). Но в основе почти всегда лежит именно внешность.

По сословной принадлежности предки Лысеня были, скорее всего, крестьянами или мещанами. Фамилии на «-еня» редко встречаются у дворянства — это народная, «уличная» модель, которая закрепилась в документах в XIX веке, когда массово давали фамилии бывшим крепостным. В белорусских метрических книгах фамилия фиксируется с конца XVIII — начала XIX века.

Есть одна деталь, которая отличает Лысеню от похожих фамилий. У неё почти нет вариантов с суффиксами «-ов» или «-ин» (Лысенков, Лысенин). Это значит, что фамилия не прошла «обрусение» через стандартную модель на -ов/-ев, а сохранила исходную белорусскую форму. Поэтому, если вы встретили Лысеню за пределами Беларуси, перед вами, скорее всего, потомок переселенцев с запада.