Фамилия Лысеева образована от прозвища или нецерковного имени Лысей. В основе лежит прилагательное «лысый» — тот, у кого нет волос на голове. Прозвище Лысый было распространено на Руси: его давали не только по физическому признаку, но и как ироничное именование, а иногда — для отличия от других членов рода (например, «Лысый Иван» в переписи означало конкретного человека). Суффикс -еев (а не -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный: Лысей — Лысеев. Это типичная модель для фамилий, возникших от прозвищ на -ей (ср. Барсучей → Барсучеев, Болдырей → Болдыреев). Встречается и вариант Лысоев — от формы Лысой, но Лысеев фиксируется чаще, особенно в центральных и северных регионах России.

В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Лысой или Лысый. Например, в Новгородских землях записан крестьянин Лысейко Офонасьев (около 1495 года). От таких форм и пошла фамилия. Женская форма Лысеева — это либо вариант, закрепившийся за вдовой или дочерью Лысеева, либо фамилия, переданная по женской линии, что в русской традиции редкость. Скорее всего, это фамилия в женском роде, образованная по правилам русского языка от мужской основы.

Географически фамилия Лысеева встречается в основном в европейской части России: в Тверской, Ярославской, Костромской областях, а также в Сибири, куда переселенцы уходили в XVIII–XIX веках. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии числились преимущественно крестьянами и мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это простонародная, «прозвищная» фамилия, каких тысячи. Её уникальность в том, что она сохранила архаичную форму с суффиксом -еев, что встречается реже, чем более привычные -ов и -ин. Если ваш предок носил фамилию Лысеев, он мог быть человеком с заметной внешностью — лысым, — и это прозвище передалось потомкам как родовое имя.