Фамилия Лышев происходит от прозвища Лыша. Самая прямая версия связывает его с растением «лыщица» — так в некоторых областях называли траву, корневища которой использовали для мытья шерсти. В этом случае прозвище могло либо отражать занятие человека (мытьё шерсти), либо быть «охранительным»: родители нарекали ребёнка именем растения, чтобы природа приняла его как своего и передала ему жизненную силу.

Есть и другая, не менее весомая версия — географическая. На старых картах Российской империи встречается целый ряд поселений с похожими названиями: деревня Лышнова в Яранском уезде, починок Лышный в Орловском уезде и ещё один Лышный — в Вятском уезде. Все они сосредоточены на Вятке, что указывает на возможную родину фамилии. Предок Лышевых мог получить прозвище по названию родной деревни, а фамилия закрепилась за его потомками.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев: от основы Лыш- (прозвище или топоним) и суффикса принадлежности. Со временем форма «Лышев» застыла и перестала меняться, став родовым именем.