Фамилия Лышин — редкий случай, когда суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. Она образована по модели «-ин», которая в русских фамилиях закрепилась за основами, оканчивающимися на -а, -я и на мягкий согласный. Лышин — это «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Лыша.

Самая вероятная версия: Лыша — вариант прозвища Лысый. В северных и сибирских говорах, а также в некоторых западнорусских диалектах слово «лыша» могло означать человека с залысиной, плешью или просто с негустыми волосами. Прозвища по внешнему признаку — один из древнейших пластов русской антропонимии, и Лышин в этом ряду стоит рядом с фамилиями Лысов, Лысых, Лысенко. Мягкий звук «ш» в суффиксе (Лышин, а не Лысин) — не ошибка, а диалектная или фонетическая особенность: в живой речи «лысый» могло перейти в «лыша» по аналогии с «голыш», «крепыш».

Есть и другая, менее очевидная гипотеза. В некоторых говорах «лыша» — это заяц (от «лысый» как признак белого зимнего зайца). Тогда фамилия могла принадлежать человеку с заячьей прозвищной кличкой — быстрому, пугливому или, наоборот, плодовитому. Однако эта версия спорная: прозвище Заяц встречается часто, а Лыша в значении «заяц» — локальное и редкое, поэтому вероятность ниже.

Фамилия Лышин не относится к числу широко распространённых. Встречается она спорадически: в Поволжье, на Урале и в Сибири — в тех регионах, куда переселенцы из центральной России приносили свои говоры и прозвища. Сословной привязки нет: Лышины могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками — суффикс «-ин» не указывает на социальный статус, только на отчество.

Если сравнивать с однокоренными, то Лышин стоит особняком. Фамилии Лысов, Лысцов, Лысаков образованы от той же основы «лыс-», но с разными суффиксами, а Лышин — единственная, где корень перешёл в форму «лыш-». Это и делает её ценной для ономастики: она сохранила живой диалектный звук, который в литературном языке стёрся.