Фамилия Любенкова — женская форма, мужская — Любенков. В основе лежит некалендарное славянское имя или прозвище Любен, которое образовано от корня «люб-» с помощью продуктивного суффикса -ен. Такие имена (Любим, Любава, Любен) были распространены в древнерусской среде и несли пожелательный смысл: «любимый», «дорогой», «тот, кого любят». В отличие от имён Любим или Любава, Любен встречается реже, что делает фамилию менее типовой.

Модель образования типична для русских фамилий: основа Любен + патронимический суффикс -ов (чей? — Любенов сын), затем женское окончание -а. По происхождению это отчество второго порядка: сначала Любен дал имя сыну — Любенов, а затем эта форма закрепилась как фамилия. С точки зрения сословной принадлежности, такие фамилии на -ов чаще всего носили крестьяне и мещане центральной России, но точная география бытования Любенковых не привязана к одной области — встречается и в южнорусских регионах, и в Поволжье.

Интересная деталь: в ономастике иногда путают Любенкова с фамилией Любенко, но разница в суффиксе принципиальна. -енко — украинская модель, а -енков — русская адаптация украинской фамилии или самостоятельное образование. В случае Любенкова мы имеем дело именно с русским патронимом, а не с украинским влиянием, так как суффикс -ов присоединён напрямую к основе, без промежуточного -к-. Если бы исходной была украинская форма Любенко, русская фамилия выглядела бы как Любенков (с выпадением -о), но здесь корень Любен, а не Любенк. Поэтому версия о происхождении от прозвища Любен более надёжна.

В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется как распространённая, что говорит о её относительно позднем закреплении — скорее всего, в XIX веке, когда фамилии массово оформлялись у бывших государственных крестьян. В современной России Любенковы встречаются рассеянно, без ярко выраженного регионального гнезда.