Фамилия Любенков образована по не самой типичной для русских фамилий модели — от женского имени, то есть относится к метронимическим. В основе лежит имя Любава (означает «любящая, любимая»), от которого через уменьшительную форму Люба и появилась фамилия. Покровительница имени — святая мученица Любовь Римская, девятилетняя девочка, казнённая за веру вместе с сёстрами Верой и Надеждой; её именины — 30 сентября (по новому стилю).

Суффикс -енков указывает на происхождение из южнорусских или восточноукраинских земель (территории современной Курской, Белгородской, Воронежской областей, а также Слобожанщины). В этих регионах фамилии с суффиксом -енко сначала означали «сын такого-то» (Любенко — сын Любы), а при русификации на -ов превратились в Любенковы. Таким образом, предок носителя фамилии — не мужчина-родоначальник, а женщина по имени Любава или Любовь, что в патриархальном обществе встречалось реже и часто указывало на особые обстоятельства: возможно, мать играла ключевую роль в семье или была вдовой.

Менее вероятна версия, связывающая фамилию напрямую с глаголом «любить» и прозвищем Люба (ласковое обращение к любимому человеку). Она слабее, потому что прозвища в форме краткого прилагательного или существительного женского рода редко становились основой для фамилий на -енков: типичнее для такой модели было бы Любимов или Любавин. К тому же каноническое имя Любовь давалось при крещении, а прозвище Люба — неофициально, и документально закрепиться могло именно первое.

В итоге фамилия Любенков — памятник народной традиции называть детей по матери, а также свидетельство миграции фамилий с Украины в центральную Россию.