Фамилия Любенков образована по типичной для русских фамилий модели: к основе «Любен-» добавили суффикс -ов. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Любенков буквально значит «сын Любена» или «из рода Любеновых». Сама основа Любен — это краткая форма от имени Любава (означает «любящая, любимая»). В старину такие усечённые имена были в ходу: Любен могли называть человека, носившего полное имя Любава или Любовь.

Покровительницей имени Любовь считается святая мученица Любовь Римская. Согласно житию, девятилетняя Любовь вместе с сёстрами Верой и Надеждой приняла мученическую смерть за веру Христову на глазах у матери. Именины Любови приходятся на 30 сентября (17 сентября по старому стилю). Эта церковная традиция укрепила имя в народном быту, от него и пошли производные формы вроде Любен.

Менее вероятна версия, что фамилия восходит к прозвищу Люба. Прозвища на -а обычно давали по характеру или поведению, но в случае с Любенков суффикс -енк- скорее указывает на уменьшительную форму имени, чем на прозвищную основу. Поэтому основная гипотеза — происхождение от канонического имени Любовь через его обиходный вариант Любен.

Фамилия Любенков — относительно редкая. Её географическое распространение нешироко, но встречается в центральных и северных областях России, где были сильны традиции именования по церковным святцам. Социально предки Любенковых могли быть крестьянами или посадскими людьми: фамилии на -ов в этой среде закрепились к XVII–XVIII векам, а редкая основа указывает на то, что род мог происходить из мест, где имя Любава или Любовь было особенно популярно.