Фамилия Любенский — типичный пример фамилии, образованной по польско-шляхетской модели с суффиксом -ский. Этот суффикс указывал на принадлежность к месту или владению им, и в Речи Посполитой такие фамилии носили в основном дворяне. В русском контексте фамилия могла закрепиться за выходцами из польских или западнорусских земель, перешедшими на службу к московским государям или переселившимися в ходе миграций.

Основа фамилии — топоним Любень или Любен. Названий с таким корнем в славянском мире десятки: от Любени в Польше и Беларуси до Любенска в Болгарии. Наиболее вероятный источник — село Любень (Lubień) в Малопольском воеводстве или одноимённые населённые пункты на территории современной Украины. Корень «люб» восходит к древнерусскому и общеславянскому «любъ» — «милый, любимый», так что в основе названия лежит не столько личное имя, сколько характеристика места: «любое, приятное место» или «поселение человека по имени Люб».

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от прозвища Любен, которое давали ласковому, приветливому человеку. В таком случае фамилия Любенский минует топонимическую стадию и сразу образуется от личного прозвища с тем же шляхетским суффиксом. Однако для фамилий на -ский такая модель встречается реже: обычно суффикс приращивали к названию вотчины, а не к прозвищу.

С точки зрения словообразования, фамилия не имеет вариантов с русским суффиксом -ов или -ин, что сразу выдаёт её западнорусское или польское происхождение. В документах XIX века носители фамилии встречаются среди мелкопоместной шляхты Волынской и Минской губерний, а также среди православного духовенства — священники нередко получали фамилии по названиям сёл, где служили. Так что предки Любенских могли быть как землевладельцами, так и сельскими священниками, взявшими фамилию по месту службы.