В основе фамилии Лабенский, скорее всего, лежит географическое название. Её получил выходец из одного из мест с похожим именем: деревни Лабенск в Псковской области, Лабенки в бывшей Москвинской волости, города Лабенц в немецких землях Хольстен, Бранденбург или Померания, а также местечка Лабенс в Восточной Пруссии. Типичный для польской и западнорусской традиции суффикс -ский/-цкий как раз и указывает на связь с местностью, превращая топоним в фамилию.

Есть и другая версия, менее географическая и более ремесленная. Фамилия могла образоваться от прозвища Лаба. В этом случае в основе лежит заимствованное из немецкого слово «лаба» — так называли закваску для створаживания молока, которую делали из телячьего сычуга. Прозвище могло закрепиться за сыроваром или торговцем кисломолочными продуктами. Впрочем, у слова «лаба» есть и другие значения: в украинском и польском языках оно означает «лапа», и тогда прозвище мог получить человек с необычно большими руками.

Нельзя сбрасывать со счетов и фонетическую версию: Лабенский мог стать вариантом фамилии Лобенский, образованной от прозвища Лоб. Широкий лоб в народе считали признаком ума и смекалки, так что прозвище могло достаться догадливому человеку. Прямых доказательств этой гипотезы нет, но она логична, учитывая, что безударное «о» нередко переходило в «а» в произношении и письме.

Исторические документы подтверждают, что носители фамилии жили на стыке культур. В Книге памяти Нижегородской области записан Бронислав Николаевич Лабенский, родившийся в 1912 году в Киевской области, а в Книге памяти Красноярского края — Викентий Баниватьевич Лабенский, 1877 года рождения, из Седлецкой губернии Польши. Среди известных однофамильцев — поэт Ксаверий Ксавериевич Лабенский и почетный вольный общник Академии художеств Франц Иванович Лабенский. Такое разнообразие регионов и занятий хорошо иллюстрирует, как фамилия с польским суффиксом и немецко-славянскими корнями прижилась на разных территориях бывшей Речи Посполитой и Российской империи.