Фамилия Любишкина — одна из тех, что хранят в себе отголосок древних имён, а не прозвищ по профессии или внешности. В её основе лежит мирское имя Любишка, которое, в свою очередь, образовано от общеславянского корня «люб» — «любимый, дорогой». В древнерусской традиции такие имена давали ребёнку не при крещении, а в быту, чтобы закрепить за ним пожелание счастливой доли или подчеркнуть родительскую нежность.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ин- указывает на принадлежность («чей?»). Первоначально Любишкина означало «дочь или жена Любишки». Со временем форма закрепилась как наследственная фамилия, хотя обычно такие патронимы на -ин образуются от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Любишка — как раз такой случай.

Что касается самого имени Любишка, у исследователей есть несколько версий. По одной из них, это самостоятельное ласкательное имя, напрямую связанное со словом «любый». По другой — сокращение от более длинных славянских имён: женского Любава (от общеславянского «любящая, любимая») или мужского Любомир, что означает «любящий мир» или «любимый миром». Обе гипотезы правдоподобны, и обе ведут в дохристианскую эпоху, когда имя должно было нести добрый смысл и оберегать носителя.

Менее вероятна, но всё же возможна версия, что Любишка — это прозвище, данное человеку, который был «пристрастен к женщинам». Такая гипотеза строится на народной шутливой этимологии, но она слабее, потому что в основе фамилий гораздо чаще лежат ласкательные и уменьшительные формы имён, а не прозвища с оттенком осуждения.

Фамилия Любишкина — редкая, с ярко выраженным «домашним» звучанием. Она не встречается массово ни в одном регионе, что говорит о её позднем закреплении или о том, что род был немногочисленным. Её однокоренные «родственники» — фамилии Любимов, Любавин, Любушкин — тоже несут в себе тот же корень, но суффикс -ишк- придаёт Любишкиной особый оттенок уменьшительности, который в старину был свойствен именно бытовым, неперковным именам.