Фамилия Любишкна — редкий случай, когда написание расходится с ожидаемой морфологией. Скорее всего, перед нами нестандартная запись фамилии Любишкина, где окончание -а не отпало, а сохранилось как часть основы. В русской ономастике фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я: Любишка → Любишкин. Форма Любишкна могла возникнуть из-за стяжения гласных в устной речи или ошибки переписчика, когда «Любишкина» записали как «Любишкна», а потом закрепили в документах. Такой вариант — не редкость в метрических книгах XIX века, где писали «на слух».

Основа фамилии — прозвище Любишка. Оно образовано от глагола «любить» с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ишк(а). В древнерусском языке этот суффикс часто придавал слову оттенок нежности или пренебрежения, но в прозвищах он указывал скорее на характер: Любишкой могли назвать ласкового, приветливого человека, любимца в семье или общине. Встречаются и параллельные формы: Любим, Любава, Любимка — все они из того же гнезда, но Любишка — более разговорный, «домашний» вариант.

Географически фамилия Любишкин (и её варианты) тяготеет к северным и центральным губерниям России: Вологодской, Костромской, Ярославской, а также к Поволжью. Там она фиксируется в писцовых книгах XVII века. Выходит, предки носителя фамилии Любишкна могли быть крестьянами или посадскими людьми, получившими прозвище за добрый нрав.

Словообразовательная модель проста: прозвище Любишка + патронимический суффикс -ин, означающий «сын Любишки». Фамилия недворянская, не связана с географическими названиями или церковными именами — это типичная «прозвищная» фамилия, каких много среди русского простонародья. Её уникальность — в орфографическом курьёзе, который делает написание Любишкна скорее исключением, чем правилом.