Фамилия Любишев образована от нецерковного имени или прозвища Любиш. Это уменьшительная форма от основы Люб-, которая в древнерусской антропонимии была очень продуктивна: имена Любим, Любава, Любимко, Любата встречаются в документах XV–XVII веков. Суффикс -иш- в данном случае не пренебрежительный, а скорее ласкательно-уменьшительный, как в именах Вадиш, Дорогиш. Исходный корень — общеславянский *ljub- со значением «любить, быть милым, дорогим». Таким образом, Любишем в семье могли называть любимого, желанного ребёнка, возможно, позднего или долгожданного.

Фамилия строится по стандартной патронимической модели: основа Любиш- плюс суффикс принадлежности -ев. В русском языке после шипящих под ударением пишется -ев (ср.: Ермишев, Копышев), хотя в безударном положении могло быть и -ов. Форма Любишев — притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?»: сын Любиша. Окончательно фамилия закрепилась в XVI–XVII веках, когда потомки человека по прозвищу Любиш перестали менять отчество и стали писаться Любишевыми.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне Любишевы в Вологодском и Костромском уездах. Это не дворянская фамилия: подавляющее большинство носителей — бывшие государственные или помещичьи крестьяне, реже — мещане. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается Любиш, крестьянин в Бежецком уезде (1545 год), что подтверждает раннее бытование прозвища в среде сельского населения.

Интересная деталь: фамилия Любишев не имеет отношения к глаголу «любить» в прямом бытовом смысле. В древнерусских именах корень люб- нередко выступал в составе имён-оберегов: считалось, что назвав ребёнка Любимом или Любишем, родители привлекают к нему добрые силы. То есть это не описание чувств, а магическая практита, типичная для дохристианской и раннехристианской Руси.

Редкий вариант фамилии — Любишов (с ударением на последний слог) встречается в украинской и белорусской среде, где суффикс -ов после шипящих сохранялся чаще. Но в русском написании закрепилась именно форма Любишев.