Фамилия Люпаев образована от прозвища или нецерковного имени Люпай. В основе лежит глагол «люпать» — в русских говорах он означал «хлебать», «есть жадно, с шумом», а в некоторых диалектах — «бить», «колотить». Прозвище Люпай могли дать либо человеку с неаккуратной манерой есть, либо, что вероятнее, — тому, кто работал с шумом, стучал, например, молотобойцу или плотнику.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Люпаев буквально значит «сын Люпая». Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: к основе на -ай добавляли не -ов, а -ев (как в фамилиях Бурнаев, Ковшаев, Ширяев). Это отличает её от фамилий на твёрдый согласный — там был бы суффикс -ов.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — центральные и южные области России, особенно Тамбовская и Рязанская губернии. Встречается она и у украинцев, где «люпати» имеет то же значение «хлебать», но с оттенком «пить много воды». В польском языке есть слово «lupać» — «стучать», «бить», что поддерживает версию о прозвище шумного работника.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта фамилия не упоминается — она относится к числу локальных, не попавших в общероссийские своды. Спорных версий у неё немного: иногда основу связывают с диалектным «люпа» — «глупый человек», но это менее убедительно, так как глагольные прозвища на -ай в русской традиции куда чаще описывали действие, а не качество.

Таким образом, предок носителя фамилии Люпаев — скорее всего, человек, чем-то громко стучавший или работавший с силой, либо, в бытовом ключе, просто тот, кого прозвали за манеру есть или пить. Точнее сказать без конкретных архивных записей сложно — фамилия не из тех, что связаны с известным родом или сословием.