Фамилия Люшниченко звучит как типичная украинская фамилия, и её разбор подтверждает это. Она образована по продуктивной восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской ономастике означает «маленький», «сын» или «потомок». Исходная основа — Люшня или Люшний.

Самая вероятная версия происхождения — от прозвища Люшня. В южнорусских и украинских говорах «люшня» — это часть упряжи, ремень или верёвка, которой крепится оглобля к хомуту. Такая деталь была на слуху у каждого крестьянина, поэтому прозвище Люшня мог получить либо человек, который делал или чинил упряжь (шорник), либо обладатель какой-то характерной черты — например, худой и вертлявый, как ремень, или, наоборот, упрямый, как затянутая люшня.

Менее распространённая гипотеза связывает фамилию с личным именем Лука. В украинском языке имя Лука в уменьшительной форме могло звучать как Люшко, а от него через притяжательное прилагательное Люшниченко и возникла фамилия. Это объясняет начальное «Лю» вместо «Лу»: мягкое произношение характерно для многих украинских говоров.

Географически фамилия тяготеет к центральным и левобережным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской. В России она редка и встречается в основном в областях, граничащих с Украиной, или в среде потомков переселенцев.

Суффикс -енко окончательно закрепился в украинской фамильной системе к XVII–XVIII векам. Люшниченко — фамилия не дворянская, а крестьянская или казацкая. Носитель такой фамилии в прошлом — это, скорее всего, ремесленник-шорник или просто человек с цепким, хозяйственным нравом, за которым закрепилось прозвище по детали конской сбруи.