Фамилия Люшненко образована по распространённой украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок» (ср. укр. Люшненко — «сын Люшни»). Основа фамилии — прозвище Люшня.

В основе прозвища лежит украинское слово люшня — деревянная деталь телеги, с помощью которой к оси крепится кузов. Это не просто название части повозки, а профессиональная характеристика: Люшней могли прозвать либо извозчика, который постоянно возился с телегой, либо мастера, изготавливавшего или ремонтировавшего колёсный транспорт. В сёлах Малороссии такие прозвища давали по самому заметному занятию — то, чем человек кормился, часто и становилось его уличным именем.

Менее вероятная, но встречающаяся в диалектах версия связывает прозвище с глаголом люшати (пачкать, грязнить) или словом люша — «замарашка, грязнуля». Однако эта гипотеза слабее: деталь телеги — более конкретный и наглядный признак, чем отвлечённая характеристика нечистоплотности. К тому же украинская ономастика знает целый ряд «тележных» фамилий (Колесниченко, Осипенко, Шинкаренко), что подтверждает профессиональное происхождение Люшненко.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и левобережных областях Украины — Черниговской, Полтавской, Сумской. В российских переписях XIX века носители Люшненко фиксировались в Курской и Воронежской губерниях, куда переселялись украинские крестьяне.

Суффикс -енко в фамилии указывает, что прозвище закрепилось за родом ещё до середины XVIII века: в более позднее время массовые фамилии на -енко уже почти не образовывались. Таким образом, предок носителя фамилии — скорее всего, тележный мастер или возчик, живший на Гетманщине или Слобожанщине.