Фамилия Мадаутов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа «мадаут» не встречается в современных русских нарицательных словарях, а значит, ключ к разгадке лежит либо в диалектной лексике, либо в тюркских языках, либо в искажённом личном имени.

Самый вероятный путь — тюркский. В казахском, татарском, башкирском языках есть слово «мадау» (или близкое «мадаулы»), которое означает «помощь», «поддержка», «вспомоществование». В некоторых говорах «мадау» — это «вознаграждение», «плата за труд». Тогда «Мадаут» — это либо человек, который оказывал помощь, либо тот, кто получал вознаграждение. Суффикс «-ут» в таком случае — это тюркский аффикс, образующий имя или прозвище (сравните с татарскими именами типа Ахметут, Хайрут). Русский патронимический суффикс «-ов» просто добавился при адаптации фамилии в русской среде: «сын Мадаута».

Менее вероятная, но допустимая версия — искажение крестильного имени. В святцах есть редкое имя Мадарий (от лат. madarus — «влажный» или от греч. madaros — «лысый»). В народной речи Мадарий мог превратиться в Мадаута через промежуточные формы (Мадай, Мадаут). Однако для этой версии нет массовых примеров в ономастике.

Географически фамилия Мадаутов тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением — Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, а также встречается у казахов. Это подтверждает тюркскую версию. Сословно носители фамилии в XIX веке чаще всего были государственными крестьянами или казаками, реже — мещанами.

В написании фамилии возможны варианты: Мадаутов, Мадаутов (с ударением на второй слог), а также Мадаутов (с ударением на первый). В старых метрических книгах встречается написание «Мадаутовъ» с твёрдым знаком на конце. Фамилия не имеет отношения к «мадагаскарским» или другим экзотическим корням — это чистая тюркская основа, переработанная русским суффиксом.