Фамилия Магафуров — один из примеров, где исходное имя-основа говорит о происхождении носителей гораздо больше, чем географическая привязка. Это типичная фамилия тюркского, скорее всего татарского или башкирского, корня, образованная по русской патронимической модели.

В основе фамилии лежит арабское имя Магафур (или Магъафур). В арабском языке имя «Магфур» (مغفور) означает «прощённый», «тот, кому даровано прощение». Имя это тесно связано с исламской традицией и часто давалось с пожеланием, чтобы ребёнок был прощён Богом, то есть был безгрешным. Вариант «Магафур» — это одна из диалектных или исторических форм бытования этого имени в тюркской среде, где звук «г» мог озвончаться или добавляться гласный для удобства произношения.

Русский суффикс «-ов» присоединился к основе «Магафур» уже на территории Российской империи, когда представители татарской и башкирской знати, а затем и простого населения, начали получать фамилии по русскому образцу. Таким образом, Магафуров буквально означает «сын Магафура» или «потомок Магафура». Фамилия эта — не дворянская и не крестьянская в исконно русском понимании; она указывает на принадлежность к тюркскому роду, принявшему русскую фамильную форму.

Интересно, что в отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Магафуров сохраняет в основе имя, не встречающееся в православных святцах. Это сразу отсекает версию о русском происхождении и чётко маркирует фамилию как мусульманскую по корням. Скорее всего, предки носителя фамилии были служилыми татарами, торговцами или духовными лицами в среде волго-уральских мусульман. Встречаемость фамилии сосредоточена в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, что подтверждает её региональную привязку.