Фамилия Магафуровы — типичный пример того, как русская словообразовательная модель «прирастает» к иноязычной основе. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Магафуров — это «сын Магафура» или «человек из рода Магафура». Сама основа, имя Магафур, имеет отчетливое тюркское, скорее всего, татарское или башкирское происхождение.

Магафур — это народная, диалектная форма арабского имени Магфур (или Магфурзян). В переводе с арабского «магфур» означает «прощенный» (имеется в виду прощенный Аллахом). В исламской традиции это имя давали с пожеланием, чтобы ребенок прожил жизнь без тяжких грехов и удостоился прощения. В тюркской среде, особенно у волго-уральских татар и башкир, арабские имена часто адаптировались под местное произношение: звук «г» переходил в более твердый, почти «х» или «га», поэтому «Магфур» превратился в «Магафур».

С географической точки зрения фамилия Магафуровы исторически привязана к регионам с компактным проживанием татар и башкир: это Башкортостан, Татарстан, Оренбургская, Челябинская, Свердловская области. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века Магафуровы чаще всего записаны как государственные крестьяне или тептяри (сословие, близкое к башкирам, но платившее подати отдельно). Встречается и написание через «о» — Магафуров (с ударением на третий слог), что соответствует общерусской норме оформления фамилий, хотя в татарском языке ударение обычно падает на последний слог.

Стоит отметить, что фамилия не древняя — она оформилась не раньше середины XVIII века, когда у нерусских народов Поволжья начали массово фиксировать фамилии по отчеству. До этого Магафуровы были просто «Магафуровыми детьми» — патронимическое имя, которое со временем закрепилось как наследственное. В отличие от русских крестьянских фамилий, образованных от мирских прозвищ, эта фамилия несет в себе прямой религиозный подтекст, что редкость для исконно русского именослова.