Фамилия Магауия — редкий случай, когда географический и этнический след перевешивает всё остальное. Её основа, скорее всего, восходит к арабскому имени Магауи (или Магауий), которое распространено в мусульманских регионах, в первую очередь у народов Северного Кавказа и Поволжья. В тюркских языках (татарском, башкирском) имя могло трансформироваться из арабского «Магъауи» — варианта, связанного с корнем, означающим «высокий», «возвышенный» или «дарованный». Приставка «-ия» на конце — характерный для татарских и башкирских фамилий суффикс, указывающий на принадлежность к роду или месту (сравните: Ахмадуллин, Исхаки). Таким образом, Магауия — это не просто «сын Магауи», а скорее «из рода Магауи», что типично для фамилий, сложившихся в среде мусульманского духовенства или зажиточных крестьян.

Словообразовательная модель здесь необычна для русской ономастики. В отличие от привычных -ов/-ев или -ин, суффикс «-ия» (а точнее, его тюркский аналог «-ий») фиксирует не отчество, а родовую или сословную принадлежность. Если бы фамилия оформлялась по русскому образцу, она звучала бы как «Магауев» или «Магауин». Сохранение «-ия» указывает на то, что фамилия записана в документах в своей исходной, нерусифицированной форме — это часто встречается у татарских мулл, купцов или башкирских старшин, которые в XIX веке при переписях настаивали на точной передаче своего родового имени.

Версия о происхождении от арабского «Магауи» (с ударением на второй слог) подкрепляется тем, что имя встречается в генеалогиях известных татарских богословов. Однако возможен и другой, более прозаичный путь: фамилия могла возникнуть от прозвища по населённому пункту. В Башкортостане есть деревня Магауи (современное название — Магау), и переселенцы оттуда могли получить фамилию по месту выхода — «Магауия», то есть «магауский». Эта версия объясняет, почему фамилия почти не встречается за пределами Поволжья и Приуралья: она привязана к конкретной местности.

Из-за редкости фамилии в общероссийских базах данных (по переписи 2010 года носителей — единицы) невозможно уверенно говорить о сословном распределении предков. Скорее всего, это потомки либо сельских жителей (тептярей или башкир-вотчинников), либо представителей мусульманского духовенства — мулл, которые часто носили книжные, арабские имена в качестве фамилий. Любопытно, что написание «Магауия» (с буквой «г») выдает русскую транскрипцию арабского звука «гъайн» — в татарском языке он произносится как гортанный «гъ», но на письме в XIX веке его часто передавали через «г», а не через «х». Поэтому не стоит удивляться, если в старых метрических книгах фамилия записана как «Махауия» или «Магавия» — это варианты одного корня, искажённые писарями, не знавшими арабской графики.