Фамилия Магданас — редкий случай, когда литовское происхождение почти не вызывает споров. В русском языке она звучит непривычно, потому что сохранила исконный литовский суффикс -ас, который в фамилиях обычно указывает на мужской род в именительном падеже (как в фамилиях Будрис, Вайткус, Садаускас). Если бы фамилия обрусела, она превратилась бы в Магданов или Магданасов, но этого не произошло — носители сохранили исходную форму.

Основа фамилии — личное имя Магдас. Это краткая, разговорная форма от полного литовского имени Магдалена, которое восходит к библейскому имени Мария Магдалина. В Литве и в пограничных с ней районах Беларуси (например, в окрестностях Вильнюса или Гродно) такие сокращённые имена часто становились фамилиями без дополнительных суффиксов: Магдас превратился в Магданас, то есть «сын Магдаса» или просто «тот, кого зовут Магдас».

Вторая возможная, но менее вероятная версия — связь с литовским словом magdyti (медлить, мешкать). Тогда фамилия могла бы означать «медлительный человек», но для прозвищ обычно брали более выразительные основы, а имя Магдас встречается в литовских метриках, поэтому версия с личным именем надёжнее.

В России фамилия встречается точечно, в основном в Калининградской области и на юге Сибири — там, куда в XX веке переселялись литовцы. В Литве она тоже не массовая, но узнаваемая. По сути, Магданас — это живое напоминание о том, как библейское имя, пройдя через литовскую языковую среду, превратилось в самостоятельную фамилию, не потеряв своей балтийской огласовки.