Фамилия Магдолина — редкий случай, когда корень считывается мгновенно, а суффикс ставит в тупик. Основа здесь — женское имя Магдалина, которое у большинства ассоциируется с евангельской Марией Магдалиной. Но почему не «Магдалинин» или «Магдалинский»? Дело в огласовке и народной этимологии: имя Магдалина в просторечии нередко произносили и писали как «Магдолина» — под влиянием «долины» или просто из-за редукции безударных гласных. Так что первый и очевидный вариант: фамилия образована от прозвища или нецерковного имени Магдолина, которое давали девочке, родившейся в день памяти святой Марии Магдалины (22 июля / 4 августа), либо в честь неё самой.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Обычно фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я: Магдолин — «чей?» — «сын или потомок Магдолины». Но окончание -а в самой фамилии (Магдолина) указывает, что перед нами форма женского рода. В русской традиции фамилии на -ин склоняются по падежам, и женская форма — это не самостоятельная фамилия, а вариант для женщины (например, Иванов — Иванова). Однако Магдолина может быть и неизменяемой фамилией в мужском варианте: если в документах записано «Иван Магдолина», то это либо украинская или белорусская модель (где фамилии на -а не склоняются у мужчин), либо редкий случай, когда фамилию зафиксировали в женском виде по ошибке или из-за того, что носителем была женщина-родоначальница.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: географическая. В некоторых говорах «магдолина» могло быть искажением слова «магнолия» — южного растения, которое в XIX веке вошло в моду как символ благородства. Тогда фамилия могла возникнуть как прозвище садовника или помещика, разводившего магнолии, но это уже чистое предположение без опоры на словари.

География фамилии узкая. По данным открытых источников, Магдолины встречаются в основном на юго-западе России и в Украине — в зоне, где имя Магдалина было популярно благодаря католическому и униатскому влиянию. В центральной России фамилия почти не фиксируется. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от имени: на православном севере Марию Магдалину чаще называли полной формой, а на западе — сокращённой или диалектной.

Путаницу вносит и то, что в некоторых переписях XIX века фамилию могли записать как «Магдолин» (без -а), а затем при склонении в женском роде она превратилась в «Магдолина» и закрепилась в документах уже как основная. Поэтому современный носитель фамилии Магдолина с большой вероятностью — потомок человека, которого в быту звали Магдолиной (женщины) или Магдолиным (мужчины), а корень уходит к библейскому имени, означающему «уроженка города Магдала» (в переводе с арамейского — «башня»).