Фамилия Магкаева представляет собой русский вариант написания фамилии Мэкъей, которая распространена среди осетин, адыгов и балкарцев. В свою очередь, фамилия Мэкъей образована от аналогичного прозвища, значение которого точно не установлено. По одной из версий в переводе с адыгского оно означает «плохой голос». Кроме того, можно предположить, что прозвище Мэкъей этимологически связано с адыгским нарицательным «мэкъу» - «сено». Возможно, обладатель прозвища Мэкъей имел волосы светлого оттенка. Таким образом, потомок человека, которого звали Мэкъей, со временем получил фамилию Магкаев. Однако процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому точно определить время и место происхождения рода Магкаевых можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.