Фамилия Магомерзаева — одна из тех, что прямо указывает на религиозную и культурную традицию предков. Её основа — составное мужское имя Магомерза, распространённое у народов, исповедующих ислам. Первая часть имени восходит к арабскому «Мухаммад» (прославляемый, достохвальный) — имя пророка, одно из самых популярных в мусульманском мире. Вторая часть, «Рза» (или «Реза»), имеет персидские корни и означает «довольство», «согласие», «благоволение». Вместе имя Магомерза можно понять как «довольство Мухаммада» или «тот, кем доволен Мухаммад». Это так называемое обрядовое имя — во многих культурах, в том числе и в горских обществах Кавказа, существовала традиция давать детям имена, которые несли пожелание блага, удачи, здоровья или, как в данном случае, божественного расположения.

Фамилия образована по русской словообразовательной модели с суффиксом -ев, который присоединился к основе имени Магомерза. Суффикс -ев (как и -ов) указывает на принадлежность: Магомерзаев буквально означает «сын Магомерзы» или «из рода Магомерзы». Фамилия закрепилась в среде народов Дагестана, особенно у аварцев и даргинцев, где имя Магомерза (и его варианты Магомедреза, Магомедриза) встречается часто. Женская форма Магомерзаева — это не отдельная фамилия, а грамматический вариант той же родовой фамилии, который носят женщины.

В написании фамилии возможны колебания: встречается вариант Магомедрезаева, где отчётливо слышны обе части исходного имени. Однако форма Магомерзаева — это результат естественного фонетического сжатия: язык упростил стечение согласных и редуцировал гласные, сделав фамилию более короткой и удобной для произношения. Такие процессы типичны для фамилий, которые долго бытовали в устной традиции до фиксации в документах.

Сословно предки носительницы фамилии могли быть кем угодно: от узденей (свободных общинников) до зажиточных горцев. Фамилия не содержит указания на знатное происхождение или ремесло — её смысл целиком лежит в области личного имени, данного при рождении. Поэтому главное, что она говорит о предках: они были мусульманами, жившими в традиционной горской культуре, и дали сыну имя, которое должно было принести ему покровительство и удачу.