Фамилия Магуянов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Если отбросить очевидное, но маловероятное предположение о связи с венгерским словом «мадьяр» (Magyar), то наиболее правдоподобной выглядит версия о тюркских корнях, характерных для многих фамилий Поволжья и Урала.

Основу фамилии составляет имя или прозвище Магуян. В татарском и башкирском языках есть имя Магуян, которое может восходить к арабскому «магърур» (гордый, самолюбивый) или к тюркскому «магу» (счастье, удача) с добавлением аффикса принадлежности -ян. Таким образом, Магуян — это «счастливый» или «гордый». Суффикс -ов в фамилии Магуянов — это стандартный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность («сын Магуяна»). Сама модель образования (основа на -ян + -ов) встречается в фамилиях татарского и башкирского происхождения, например, Салимьянов, Галиянов.

Географически фамилия Магуянов, скорее всего, привязана к Башкортостану или Татарстану. В этих регионах распространены фамилии с похожей структурой, образованные от личных имён, бытовавших в среде башкир и татар. Предки носителей такой фамилии, вероятно, были из числа служилых татар или башкир, которые после присоединения края к Русскому государству получали фамилии по имени отца.

Интересная особенность: в написании фамилии часто встречается вариант «Магуянов» с ударением на втором слоге, что свойственно тюркской артикуляции, а не на последнем, как в типичных русских фамилиях. Это дополнительный аргумент в пользу её восточного происхождения. Других версий, связывающих фамилию с географическими названиями или профессиями, не обнаружено — всё указывает на личное имя как на источник.