Фамилия Магзумова образована от мужского мусульманского имени Магзум. Это имя составное: его первая часть восходит к имени Магомед (арабское Мухаммед — «прославляемый»), вторая — к арабскому слову со значением «хранить, охранять, беречь». Один из вероятных переводов целого имени — «хранимый богом». Имя Магзум встречается у народов, исповедующих ислам, и входит в ряд тюркских и кавказских антропонимиконов.

По словообразовательной модели фамилия Магзумова — типичная русская патронимическая фамилия с суффиксом -ов. Она означает «дочь (или жена) Магзума». Мужской вариант — Магзумов. Такая модель закрепилась у многих народов Российской империи, принявших православие или долгое время живших в русскоязычной среде, однако в данном случае фамилия осталась связана с мусульманской традицией — её носители, как правило, татары, башкиры или представители народов Северного Кавказа.

Интересная деталь: имя Магзум не получило широкого распространения, поэтому фамилия Магзумова встречается редко. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её почти нет — вероятно, она оформилась позже многих русских фамилий, уже в XIX — начале XX века, когда у мусульманских народов начался массовый переход к постоянным фамилиям. Точное место и время возникновения конкретного рода Магзумовых можно установить только по генеалогическим документам.