Фамилия Макарышкин — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение: в её основе лежит крестильное имя Макарий, что в переводе с греческого означает «блаженный», «счастливый». Но разбирать её стоит не с корня, а с суффикса. Формант -ышкин встречается в русских фамилиях нечасто и почти всегда указывает на принадлежность к семье через уменьшительно-ласкательную форму. Если обычный -ин или -ов просто притягивают отчество к сыну, то -ышкин добавляет оттенок нежности или фамильярности: Макарышка — это не просто Макар, а Макар в ласковом, бытовом, деревенском произношении. Такая модель характерна для северных и центральных областей России, где любили подобные суффиксы в прозвищах и дворовых именах.

Сам Макарышка — это, скорее всего, не официальное имя, а домашнее, уличное прозвище человека по имени Макар или Макарий. В документах XVII–XVIII веков, когда фамилии только закреплялись, крестьяне часто записывались не по полному имени, а по тому, как их звали в семье или в деревне. Если отца или деда звали Макар, то его дети могли получить фамилию Макаров, но если в ходу было именно Макарышка — появлялся Макарышкин. Это не ошибка писаря, а живое словообразование: суффикс -ышк- (как в «солнышко», «пёрышко») уменьшает и смягчает, и фамилия звучит не официально-холодно, а по-домашнему.

Споров по этимологии фамилии почти нет. Версия, что основа — тюркское или финское слово, маловероятна, хотя имя Макар иногда путают с македонским или тюркским «макар» (коза), но в русской ономастике это имя исключительно христианское. Фамилия Макарышкин — типично русская, крестьянская или мещанская, без дворянских корней. Встречается она нечасто: по данным переписей, основные гнёзда носителей — в Тверской, Ярославской и Костромской областях. Там, где в XIX веке гуляли уменьшительные формы имён с -ышк-, там и оседали такие фамилии.

Интересно сравнить Макарышкина с однокоренными: Макаров — самая массовая форма (сын Макара), Макаркин — от уменьшительного Макарка, а Макарышкин — самый редкий, с дополнительным суффиксальным наращением. Это говорит о том, что предок носителя выделялся в общине не статусом, а прозвищем — возможно, его так ласково звали в семье, и это закрепилось за потомками. Никакой тайны в фамилии нет, но за ней стоит живая речевая практика русской деревни, где имя не просто называло, а выражало отношение.