Фамилия Магарышкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не черта характера, а конкретный бытовой обычай. Её корень — слово «магарыч» (или «могарыч»), которое в русских говорах означало угощение, выпивку или небольшой подарок, который давали в придачу к сделке, при найме на работу или в знак завершения дела. Отсюда и прозвище Магарышка — человек, который любил устраивать магарычи, либо тот, кто их требовал, либо, по другой версии, работник, нанимавшийся за угощение.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Магарышкин буквально значит «сын или потомок Магарышки». Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ на -а/-я: если прозвище оканчивалось на гласный, фамилия получала суффикс -ин, а не -ов.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где слово «магарыч» было особенно употребительно. Встречается она нечасто — это не массовая фамилия, а скорее локальная, закрепившаяся за одним-двумя родами.

Интересно, что у фамилии есть «двойник» — Магарычев, образованный по той же основе, но с другим суффиксом. Магарышкин встречается реже, и его форма на -кин подчёркивает, что прозвище предка звучало именно как Магарышка, а не Магарыч. Такое уменьшительное окончание могло возникнуть из-за того, что прозвище дали не самому взрослому, а младшему в семье или подростку — в русских говорах суффикс -к- нередко обозначал уменьшительность или ироничное отношение.

Сословных ограничений у фамилии не было: «магарыч» — понятие народное, недворянское, поэтому носители Магарышкиных, скорее всего, происходили из крестьян или мещан, возможно, из среды отходников или мелких торговцев, где обычай ставить магарыч был особенно распространён.