Фамилия Макарышкина — редкий пример «двойного» патронимического суффикса. В её основе лежит каноническое имя Макарий (в переводе с греческого «блаженный», «счастливый»), но образована она не напрямую, а через промежуточную форму — скорее всего, от разговорного прозвища или обиходного варианта имени. Если бы фамилию создали напрямую от Макар, мы бы получили Макаров или Макарин. Суффикс -ышк- в русских фамилиях встречается нечасто и обычно несёт уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок (сравните: сынишка, парнишка). Вероятнее всего, Макарышка — это внутрисемейное или уличное прозвище человека по имени Макар, которое закрепилось за его потомками. Форма на -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Макарышкин, то есть сын или дочь Макарышки.

По модели образования фамилия Макарышкина стоит в одном ряду с такими редкими фамилиями, как Ванькишкин, Петькишкин или Сенькишкин. Все они показывают, что в русской деревне имя могли переиначить, добавив экспрессивный суффикс, а потом это прозвище «узаконилось» как фамилия. В официальных документах XIX века такие формы чаще встречались в северных и центральных губерниях России, где была сильна традиция уличных фамилий.

Что касается сословной принадлежности: фамилии с суффиксом -ышк- почти никогда не встречаются у дворянства. Это верный признак крестьянского или мещанского происхождения. Предки носительницы фамилии Макарышкина, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, а сама фамилия возникла в среде, где человека называли не по отчеству, а по домашнему прозвищу.

В современных справочниках фамилия Макарышкина фиксируется как очень редкая. Основной ареал её бытования — центральная часть России, с возможными единичными выходами в Поволжье. Известных исторических деятелей с такой фамилией нет, что только подтверждает её «народный», недворянский характер.