Фамилия Марышкина образована от имени Марышка — так в старину в народной среде называли человека, носившего церковное имя Марий или Марин. Это не фамилия дворянского рода, а типичная «именная» фамилия: её дали потомкам простого человека по имени Марышка, и со временем она закрепилась за его детьми и внуками.

Имя Марий, от которого пошла уменьшительная форма Марышка, имеет сирийские корни и переводится как «господин» или «господний». Вторая возможная основа — имя Марин, которое с латинского переводится как «морской». Обе версии имеют право на существование, но первая выглядит предпочтительнее: форма Марышка с характерным суффиксом -ыш- чаще образовывалась именно от Марий, а не от Марин, где ожидалась бы форма Маришка. Впрочем, в разных говорах звук мог редуцироваться, поэтому полностью исключать связь с «морским» именем нельзя.

Суффикс -ыш- в имени Марышка придаёт ему ласкательно-уменьшительный оттенок, но без слащавости — так могли звать взрослого крестьянина или ремесленника, подчёркивая простоту и близость. Сама фамилия построена по стандартной модели притяжательных прилагательных: Марышка → Марышкин → Марышкина. То есть буквально она означает «чей-то сын» или «чья-то дочь», а точнее — «ребёнок Марышки».

Судя по словообразованию, основатель рода не принадлежал к знати: имена в уменьшительной форме давали людям из крестьянской, посадской или казачьей среды. Фамилия закрепилась, когда человек с именем Марышка стал главой семьи, и его домочадцев начали называть «Марышкины дети», а затем и просто Марышкины. Географически фамилия встречается в центральных и южных регионах России, где были распространены такие народные формы имён, но точных исторических записей о первых носителях не сохранилось — письменные источники по этой фамилии скудны, поэтому о конкретных датах и местах говорить сложно.