Фамилия Маришкин происходит от женского имени Маришка — уменьшительно-ласкательной формы имени Мария. Само имя Мария имеет древнееврейские корни, а вот в народном сознании его часто связывали с латинским «маре» (море), откуда пошло поэтическое толкование «морская». На деле же значение имени восходит к слову «желанная» или «госпожа», но романтическая версия про море прочно закрепилась в бытовой этимологии.

Маришка — одна из многих производных форм, которые в дофамильную эпоху бытовали в крестьянской и мещанской среде. Отчество по матери, а затем и фамилия Маришкин означали «сын (или потомок) Маришки». Такая модель образования с суффиксом -ин типична для русских фамилий, образованных от женских имён: если мать или бабушку в семье звали Маришкой, то дети и внуки получали прозвание Маришкины.

Фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России. Её носители — потомки простых людей, в родословной которых имя Маришка передавалось как уважительное или ласковое прозвание женщины. В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от мужских имён, Маришкин прямо указывает на матрилинейную традицию: предок был назван по матери, что в патриархальном обществе случалось реже и нередко означало, что женщина играла заметную роль в семье или рано овдовела.

Иных версий происхождения — от прозвища или географического названия — у этой фамилии нет. Латинская «морская» трактовка остаётся красивым, но неподтверждённым домыслом: в основе всё же лежит конкретное женское имя, а не нарицательное слово.