Фамилия Маришкина — женская форма, но её основа восходит к мужскому имени или прозвищу Маришка. Само имя Маришка — это не самостоятельное древнее имя, а уменьшительно-ласкательная производная от канонического имени Марин (или Мариан), которое в переводе с латинского «marinus» означает «морской». От этого корня в народной среде образовалось множество обиходных форм: Маря, Маруся, Мариша, а также Маришка — именно она и легла в основу фамилии.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Маришкин — значит «сын (или потомок) Маришки». Чаще всего так называли человека по матери или жене, если женщина носила имя Маришка, или по отцу, которого в быту звали Маришкой (вне зависимости от его крестильного имени). В русской ономастике фамилии на -ин характерны для северных и центральных областей России, где притяжательная форма на -ин вытесняла фамилии на -ов.

Однозначно утверждать, что фамилия произошла именно от женского имени, нельзя: в старину Маришкой могли прозвать и мужчину — за мягкий нрав или в насмешку, как уменьшительное от Марин. Поэтому потомок женщины по имени Маришка и потомок мужчины с таким прозвищем со временем получили одинаковую фамилию Маришкины. Процесс формирования фамилий был длительным и не всегда документированным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Маришкиных можно лишь на основании генеалогических исследований конкретной семьи.