Фамилия Макатун — редкий пример славянской фамилии, образованной не через стандартные суффиксы -ов/-ев или -ин, а напрямую от прозвища с помощью форманта -ун. Такая модель типична для восточных, западных и южных славян: суффикс -ун часто указывал на носителя действия или характерного признака (сравните: крикун, молчун, бегун). Соответственно, Макатун — это человек, получивший прозвище по действию или свойству.

Самая очевидная версия связывает прозвище с глаголом «макать» — «обмакивать», «опускать в жидкость». Предок-носитель фамилии мог заниматься вымачиванием льна или кожи — ремеслом, требовавшим постоянного погружения сырья в воду. Однако в западных говорах у того же глагола есть иное значение — «трогать», «шарить», что расширяет круг возможных занятий. А в словаре Даля зафиксировано слово «макатан» в значении «любвеобильный человек» — то есть прозвище могло относиться к поведению, а не к профессии.

Существует и тюркская версия: фамилия могла возникнуть от имени Макат, которое восходит к еврейскому корню со значением «луна», «лунный». Тюрки заимствовали это имя, а у славян оно превратилось в прозвище Макатун, которое затем закрепилось как фамильное. Эта гипотеза менее вероятна для белорусского ареала, где фамилия зафиксирована, но полностью исключать её нельзя — контакты с тюркскими народами на южных границах были исторически обычны.

Известен документальный носитель фамилии начала XX века: Макатун Марк Фомич, родившийся в 1877 году в деревне Крупени Докшицкой волости (современная Витебская область Беларуси). Эта запись подтверждает, что фамилия бытовала среди белорусов и, скорее всего, имеет местные, а не пришлые корни.