Фамилия Маркатун — редкий пример восточнославянской фамилии, в основе которой лежит не имя, а прозвище с охранительным смыслом. Скорее всего, её этимологически связывают с белорусским прилагательным «маркотны» — «печальный, грустный». Прозвище Маркатун давали внутри семьи как оберег: родители нарекали мальчика «печальным», чтобы отвести от него злые силы и, напротив, вырастить весёлого и жизнерадостного человека. Такая практика была распространена у белорусов и соседних народов.

Суффикс -ун в фамилии указывает на носителя признака: Маркатун — это «тот, кто маркотный». Подобная модель словообразования типична для прозвищ, которые затем закреплялись в качестве фамилий (сравните: Болтун, Молчун, Говорун). Охранительная функция подтверждается и тем, что фамилия не получила широкого распространения — она осталась локальной, чаще всего встречается в западных областях Беларуси.

Существует и другая, менее вероятная гипотеза: от белорусского глагола «маракаваць» — «соображать, размышлять». Если принять эту версию, то родоначальник фамилии Маркатун был вдумчивым, рассудительным человеком. Однако против неё говорит то, что от «маракаваць» обычно образовывались фамилии с суффиксом -ов или -евич (Маракаев, Маракович), а не с -ун. Поэтому первая версия — от «маркотны» — выглядит убедительнее и этимологически, и по модели образования.