Фамилия Маркатенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «маленький», «потомок» или «сын» того, кто назван в основе. В данном случае основа — имя Маркат, которое само по себе неканоническое и редкое. Скорее всего, это производная форма от крестильного имени Марк (от латинского Marcus — «молот»), но с характерным для украинской народной традиции суффиксом -ат. Такие формы (Маркат, Марката) могли давать детям в быту, чтобы отличить одного Марка от другого или просто для ласкового звучания. Таким образом, Маркатенко буквально — «сын Марката», то есть потомок человека, которого в семье или деревне звали Маркатом.

В украинской ономастике фамилии на -енко массово фиксируются с XVI–XVII веков, особенно на Левобережной и Слободской Украине. Маркатенко — относительно редкая фамилия, она не встречается в десятках тысяч записей, как, скажем, Шевченко или Ткаченко. Это говорит о том, что родоначальник был не из массового прозвища (по ремеслу или внешности), а из личного имени, которое не стало общеупотребительным. Географически фамилия тяготеет к восточным областям Украины — Черниговской, Полтавской, Сумской, а также к югу России (Кубань, Ростовская область), куда украинские крестьяне переселялись в XVIII–XIX веках.

Интересная деталь: суффикс -ат в основе указывает на то, что исходное имя Маркат могло быть не только уменьшительным, но и прозвищным — например, от глагола «маркати» в южнорусских говорах, что значит «пачкать», «марать». Однако эта версия менее вероятна: фамилия образована по типичной «именной» модели, а не от прозвища по действию. В словарях украинских фамилий (например, у Ю. Редько) формы с -ата/-ать обычно трактуются как производные от крестильных имён, если нет чётких диалектных свидетельств обратного.

В документах XVIII–XIX веков фамилия могла писаться с колебаниями: Маркатенко, Маркатинко, Маркатенков (под влиянием русской канцелярской нормы). Но корень оставался тем же. Носители фамилии, скорее всего, были из казацких или крестьянских родов: украинские фамилии на -енко в массе своей принадлежали непривилегированным сословиям, хотя встречались и среди казацкой старшины. Сословной элиты с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «народное» происхождение.

Сравните с однокоренными: Марков, Марченко, Маркашов. Маркатенко стоит особняком — редкий суффикс основы и чёткая украинская огласовка. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они происходят из тех мест, где имя Марк в быту переделывали в Марката, и эта форма закрепилась как родовое прозвище.