Фамилия Маркатовы встречается нечасто, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь основа — «Маркат» — не имеет прямого аналога в святцах. Это заставляет искать другие пути образования.

Самый вероятный корень — тюркское прозвище или имя. В языках тюркской группы «маркат» (или «марка») может означать «метка», «знак», «клеймо», а также «цель», «мишень». В этом случае предок получил прозвище по роду занятий — например, он ставил метки на скоте или товарах, был метким стрелком, либо же сам носил заметную примету. Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: «сын Марката». Такая модель — тюркское прозвище плюс русский патронимический суффикс — типична для южных и восточных регионов России, где происходило смешение славянского и тюркского населения: Поволжье, Приуралье, Сибирь.

Менее вероятна, но теоретически возможна связь с диалектным русским словом «маркатый» — в некоторых говорах так говорят о человеке с рябым лицом или с тёмной родинкой (маркой). Однако переход от прилагательного «маркатый» к фамилии Маркатов требует промежуточного прозвища Маркат, а это для русской речи нехарактерно. Поэтому тюркская версия убедительнее.

Ещё одна гипотеза — от имени Марк, с добавлением «агрессивного» суффикса -ат, который в русском языке иногда образует прозвища по характерному признаку (бородат, горбат). То есть Маркат — «похожий на Марка» или «Марк с приметой». Но и здесь форма Маркат как самостоятельное прозвище редка, а фамилии от Марка обычно выглядят как Марков или Маркин.

В итоге: Маркатовы — фамилия, скорее всего, тюркского происхождения, возникшая в среде, где русские фамилии давали по прозвищу отца, а само прозвище было связано с меткой, клеймом или приметой. Географически её стоит искать в районах активных русско-татарских контактов.