Фамилия Маркатова — женская форма от Маркатов, и её разбор стоит начать с мужской основы. В ней отчётливо выделяется тюркский суффиск -ат-, который часто встречается в фамилиях, образованных от прозвищ или имён с восточным корнем. Основа «Маркат» может восходить к личному имени Маркат — варианту имени Марк, адаптированному в тюркоязычной среде, или к прозвищу, связанному с тюркским словом «марка» (метка, знак) в значении «помеченный», «отмеченный». Вторая версия менее вероятна, но не исключена: в некоторых диалектах «маркат» могло означать человека с особой приметой или клеймом.

Фамилия Маркатов (и, соответственно, Маркатова) не принадлежит к числу распространённых. Её география сдвинута в сторону южных регионов России и Поволжья, где исторически сильны тюркские и татарские влияния. Русский суффикс -ов- здесь наложился на тюркскую основу, что типично для фамилий, возникших на стыке культур: предок носителя мог быть крещёным татарином, башкиром или чувашом, получившим фамилию по отцовскому прозвищу.

Словообразовательная модель Маркатов — нестандартная для чисто русских фамилий. Обычно суффикс -ов- присоединяется к основе на согласный (Иван — Иванов), но здесь перед ним стоит -ат-, что указывает на заимствованную форму. Похожие конструкции встречаются в фамилиях типа Булатов, Сафатов, где -ат- — часть тюркского имени. Таким образом, фамилия Маркатова — скорее всего, русифицированный вариант исходного тюркского имени или прозвища, которое в документах закрепилось с русским патронимическим окончанием.

Если опираться на словарь Б. Унбегауна «Русские фамилии», подобные образования он относит к «восточным по происхождению»: они возникали в среде, где русские писцы записывали инородцев по отчеству, но с русским суффиксом. Социальный статус первых носителей мог быть разным — от служилых татар до крестьян, но в любом случае фамилия фиксирует момент культурного перехода, когда человек получал фамилию по отцу, а не по роду занятий или месту жительства.