Основой фамилии Маркатунова послужило мирское имя Маркатун. Мирское имя Маркатун берет начало от белорусского существительного «маркота» со значением «грусть, меланхолия». Вероятнее всего, это имя относится к охранительным именованиям. Так, нарекая младенца Маркатуном, родные хотели, чтобы он прожил счастливую жизнь и не знал горя и печали. Однако не исключено, что именование Маркотун являлось прозвищем, которое указывало на особенности характера его носителя. Фамилия Маркатунов встречается в различных исторических источниках. Так, в документах начала XX века упоминается Маркатунов Анисим Михайлович (родился в 1892 году в Белоруссии в Могилевской области в д. Барышевка).