Фамилия Махачкеев — редкий случай, когда географическое происхождение просматривается почти наверняка, а вот с корнем слова всё сложнее. Носители фамилии плотно сосредоточены на Северном Кавказе, в первую очередь в Дагестане и Чечне. Это наводит на мысль о связи с топонимом Махачкала — столицей Дагестана. Но связь эта не прямая.

Название города образовано от имени революционера Махача Дахадаева. Суффикс -ев в фамилии Махачкеев указывает на русскую модель оформления, типичную для русифицированных фамилий народов Кавказа. Если бы фамилия образовалась прямо от имени Махач, мы бы скорее ожидали форму Махачев. Здесь же появляется вставка -к-, что даёт основу «Махачка». Это может быть либо уменьшительная форма имени Махач (Махачка — «маленький Махач»), либо, что правдоподобнее, адаптация местного, не русского по происхождению, имени или прозвища, которое на слух русского писаря превратилось в «Махачку».

По другой версии, основа восходит к тюркскому или кавказскому слову «махач» — в разных диалектах так могли называть борца, силача или просто бойкого, неуступчивого человека. Тогда Махачкеев — буквально «сын маленького борца» или, с уничижительным оттенком, «сын драчуна». В любом случае, фамилия не древняя: её оформление и история массового появления фамилий у горских народов относят её к концу XIX — началу XX века, когда горцев активно записывали в метрики и приписывали к русским фамильным окончаниям.