Фамилия Махамалкина — женская форма фамилии Махамалкин, и её происхождение почти наверняка ведёт в тюркский или арабо-тюркский мир. Основа здесь — личное имя Махамал (варианты: Махамед, Махмал, Махмуд), которое восходит к арабскому «Мухаммад» («восхваляемый»). В русской среде тюркские имена часто адаптировались: конечное «-ал» или «-ел» могло появиться из-за местного произношения или упрощения (ср. фамилии Махаматов, Махамбаев). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Махамалкин, то есть «сын (или потомок) Махамала». Такая модель типична для фамилий, образованных от имён, прозвищ или профессий, и широко распространена в центральной России и Поволжье, где жили татары, башкиры или другие тюркоязычные народы.

Интересная деталь — вариант написания с -к-: «Махамалкин» вместо ожидаемого «Махамалов» или «Махамалин». Вставка «-к-» (ср. Емелька от Емельян, Махалка от Махал) могла возникнуть в разговорной речи как уменьшительная или пренебрежительная форма имени. То есть предка могли звать не просто Махамал, а Махамалка — так в русских деревнях часто «русифицировали» иноязычные имена, добавляя суффиксы, привычные для крестьянского обихода. Это не редкость: фамилии вроде Минаев/Минайкин, Фомин/Фомкин стоят в том же ряду.

Географически фамилия редкая, но встречается преимущественно в регионах с татарским или башкирским населением — Оренбургская, Челябинская области, Башкортостан, Татарстан. Если судить по корню, носители фамилии — потомки человека, которого в документах XVII–XIX веков записали как Махамалка или Махамал. Сословно это могли быть государственные крестьяне, казаки или мещане — фамилия не дворянская, а народная, что подтверждается её «простой» словообразовательной моделью.

Вторая, менее вероятная версия — связь с арабским словом махмал (место, где хранят драгоценности) или махмаль (паланкин, носилки). Но здесь фамилия была бы скорее прозвищной (например, «носильщик» или «хранитель»), и тогда она встречалась бы в среде торговцев или ремесленников. Однако первая версия — от имени — гораздо убедительнее: для русской ономастики путь «имя → уменьшительное → фамилия» самый естественный, а редкое имя Махамал зафиксировано в метрических книгах XIX века у татар-мишарей.