Фамилия Махамалкин — редкий случай, когда сложно спутать её происхождение с русской основой. Если не знать её корней, можно подумать, что перед нами вариант фамилии Махалкин (от глагола «махать» или прозвища Махало), но суффикс -ин здесь вторичен. На самом деле перед нами фамилия с явным тюркским или кавказским следом, которая прошла через русскую словообразовательную машину.

Основа фамилии — имя Махамалка. Это уменьшительно-ласкательная или обиходная форма от мусульманского имени Махамад (Мухаммад) с характерным для тюркских и кавказских языков суффиксом -ка. В русской среде такие имена нередко русифицировали, добавляя к ним патронимический суффикс -ин: Махамалкин буквально означает «сын (или потомок) Махамалки». То есть фамилия образовалась не от прозвища, а от личного имени предка, что типично для поздних русских фамилий, возникших у крещёных или обрусевших народов Поволжья, Северного Кавказа и Средней Азии.

Географически фамилия Махамалкин почти не встречается в центральных русских областях. Её ареал — регионы с татарским, башкирским, чеченским или дагестанским населением, где имя Мухаммад было распространено повсеместно. В дореволюционных переписях она могла фиксироваться у крестьян-мусульман, принявших православие, или у русских, взявших фамилию от соседей-иноверцев. Вторая, менее вероятная версия: основа могла быть искажённой формой имени Мамед (Мамад) с тем же уменьшительным суффиксом.

Словообразовательная модель проста: имя Махамал(ка) + -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Махамалкин. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на твёрдый согласный, -ин присоединяется к основам на -а/-я. Поэтому фамилия звучит как типично русская по форме, но экзотическая по корню. Если бы предка звали Махамад, мы получили бы Махамадов, но уменьшительная форма изменила суффикс.

Сравните с однокоренными фамилиями: Махаматов, Махамадов, Махамедов — они образованы от полного имени. Махамалкин стоит в этом ряду особняком, подчёркивая, что предок в быту звался ласково или сокращённо. Такое встречается реже — обычно фамилии фиксировали полное имя, а не его уменьшительный вариант. Это делает Махамалкина ценной для историка: она сохранила живую разговорную форму, которая в документах почти не встречалась.