Фамилия Маханин образована от прозвища или нецерковного имени Маханя. Основа фамилии — слово «махать» или «махан» (в ряде говоров — «махань», «махана»). В русских диалектах «махань» означало «большой кусок, ломоть», а в некоторых областях — «вяленое мясо», «конина». Человек, получивший такое прозвище, мог быть плотным, широкоплечим, либо, напротив, нетерпеливым, порывистым — от глагола «махать» (делать широкие взмахи, суетиться). Встречается и версия, что Маханя — уменьшительная форма от крестильного имени Матвей или Мамант, но это менее вероятно из-за редкой суффиксальной модели.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маханин — «сын Махани». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин распространены шире, чем на юге. В отличие от более частых фамилий Маханов или Махонин, форма Маханин встречается реже и может указывать на конкретную локальную традицию произношения. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — в метрических книгах XVIII–XIX веков Маханины фиксируются в Казанской, Вятской и Пермской губерниях.

Сословно носители фамилии в основном принадлежали к государственным крестьянам и мещанам. Никаких выдающихся дворянских родов с этой фамилией не известно — перед нами типичная крестьянская фамилия, возникшая из бытового прозвища. В современной России фамилия остаётся редкой, её можно встретить в Пермском крае, Татарстане и Башкортостане.