Фамилия Махатый — редкий случай, когда её форма сама подсказывает, где искать корни. В русском языке фамилии на -ый (Махатый, Толстый, Кривой) — это старый тип полных прилагательных, которые застыли в мужском роде именительного падежа. Такие фамилии чаще всего возникали из прозвищ, характеризовавших внешность, характер или род занятий человека.

Основа здесь — мах-. Самый прямой путь ведёт к глаголу махать. В старину «махатый» могли прозвать человека с размашистой, порывистой походкой, того, кто постоянно жестикулирует при разговоре, или, например, работника, чья работа была связана с взмахами — косца, молотильщика цепом. В некоторых говорах «махать» означало «медлить, колебаться», так что прозвище могло закрепиться за нерешительным человеком.

Есть и менее очевидная версия, связанная с тюркскими языками. В казахском и башкирском слово махат (или махта) означает «хвалить, восхвалять». В этом случае Махатый — это русифицированная форма тюркского прозвища, которое дали хвастуну или, наоборот, тому, кого постоянно хвалили. Учитывая, что фамилия встречается в южнорусских и приуральских регионах, где исторически были сильны тюркские контакты, эта гипотеза заслуживает внимания, хотя и уступает по вероятности славянской версии.

Суффиксальная модель -атый в русском языке продуктивна: она образует прилагательные со значением «обладающий тем, что названо в корне». «Махатый» буквально — «тот, кто машет» или «обладающий свойством махать». Это ставит фамилию в один ряд с такими прозвищными фамилиями, как Горбатый, Бородатый, Носатый, где внешний признак или поведение стали фамилией напрямую, без патронимического суффикса.

Фамилия редкая и не имеет массового распространения. В дореволюционных списках она почти не фиксируется, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в среде однодворцев или государственных крестьян юга России. Сословная принадлежность предков-носителей фамилии Махатый — скорее всего, крестьянская или казачья, поскольку именно в этих средах дольше всего сохранялись прозвищные формы в качестве фамилий.